本文介绍了无环卡方网格搜索在PYTHON NumPy中的实现的处理方法,对大家解决问题具有一定的参考价值,需要的朋友们下面随着小编来一起学习吧!
问题描述
最佳拟合线性参数A和B(y=Ax+b)对应于这些参数上的卡方函数的最小值。我想对全局卡方极小值进行强力网格搜索(因为两参数线性卡方是抛物面),并已通过3个嵌套循环(如下所示)实现,但希望避免循环(即,使用Numpy的数组广播属性进行矢量化)。卡方(加权最小二乘)定义为:
Chi-square(k,j) = sum (y[i]-(A[k]*x[i]+B[j]))/yerr[i])^2
下面是用超过10,000个A和B参数值组合(每个参数值为100)的卡方值填充100x100网格的Python Numpy代码。有三个数据数组:x、y和yerr。
感谢您对Python Numpy中的两参数线性卡方网格搜索的无循环版本的任何帮助。
注意:我想进行网格搜索,而不是使用scipy.Optimize.Minimum--谢谢!
Keith
# create parameter grid
a = np.linspace(80,120,100)
b = np.linspace(10,40,100)
A,B = np.meshgrid(a,b)
# calculate chi-square over parameter grid
chi2=np.zeros((100,100))
for k in range(100):
for j in range(100):
for i in range (len(y)):
chi2a = ((y[i]-a[k]*x[i]-b[j])/yerr[i])**2;
chi2[k,j]+=chi2a;
推荐答案
这里有一个利用NumPy broadcasting
-
subs = (y-a[:,None,None]*x-b[:,None])/yerr
chi2 = (subs**2).sum(2)
这里有另一个可能更快的np.einsum
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chi2 = np.einsum('ijk,ijk->ij',subs,subs) #subs from previous one
这篇关于无环卡方网格搜索在PYTHON NumPy中的实现的文章就介绍到这了,希望我们推荐的答案对大家有所帮助,也希望大家多多支持编程学习网!
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