本文介绍了Biopython PDB：计算原子与点之间的距离的处理方法，对大家解决问题具有一定的参考价值，需要的朋友们下面随着小编来一起学习吧！
问题描述
使用典型的PDB文件，我能够使用与Biopython文档中提供的方法类似的方法来计算结构中两个原子之间的距离。如下所示：
from Bio import PDB
parser = PDB.PDBParser()
pdb1 ='./4twu.pdb'
structure = parser.get_structure("4twu", pdb1)
model = structure[0]
chain = model['A']
residue1 = chain[1]
residue2 = chain[2]
atom1 = residue1['CA']
atom2 = residue2['CA']
distance = atom1-atom2
print(distance)
Biopython中有没有一种方法可以用XYZ坐标计算原子到固定点的距离？如果不是Biopython，解决这个问题的最好方法是什么？谢谢。
推荐答案
您的原子1对象将坐标存储在coord属性(它是NumPy数组)中，例如
>>> print(atom1.coord)
[ 26.26600075 25.41300011 2.84200001]
如果要计算到空间中另一个点的距离，则需要以类似的格式定义它。
import numpy
x = 1
y = 1
y = 1
v = numpy.array((x, y, z), dtype=float)
然后可以用NumPy计算distance。
distance = numpy.linalg.norm(atom1.coord - v)
这篇关于Biopython PDB：计算原子与点之间的距离的文章就介绍到这了，希望我们推荐的答案对大家有所帮助，也希望大家多多支持编程学习网！
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